Episode 1: Charlotte dimulai dengan pengenalan tokoh utamanya, Yuu Otosaka, seorang siswa SMA yang memiliki kemampuan untuk mengambil alih tubuh orang lain selama lima detik. Yuu memanfaatkan kemampuannya untuk meraih prestasi akademis yang tinggi, tetapi di balik penampilannya yang sukses, ia sebenarnya seorang yang sombong dan tidak peduli dengan perasaan orang lain.
Namun, Yuu kemudian bertemu dengan Nao Tomori, seorang gadis yang juga memiliki kemampuan khusus dan menjadi pengurus sekolah khusus untuk siswa seperti mereka. Nao menawarkan Yuu untuk bergabung dengan sekolah tersebut dan membantunya mengatasi masalah yang dihadapinya.